國立中興大學教學大綱
課程名稱 (中) 生物資訊資料庫應用實作(6758)
(Eng.) Bioinformatic Applications in Environmental Engineering
開課單位 環工系
課程類別 選修 學分 3 授課教師 吳向宸
選課單位 環工系 / 碩士班 授課使用語言 中文 英文/EMI 開課學期 1122
課程簡述 介紹環境生物資訊應用與實作，課程將由生物資訊數據基本資料型態、次世代定序基本觀念與常用生物資訊資料庫(例如：NCBI、JGI/IMG、KEGG等)之觀念說明，引導同學了解如何利用與分析這些生物資訊資源。課程未來會朝向問題導向學習(PBL)方式設計進行，以課堂同學分組後探索與環境工程相關之生物應用主題，透過線上開放式生物資料數據處理程序，進行基因體組裝、功能性基因標定、基因體比較分析、代謝途徑預測等相關基本數據處理，建立同學未來因應次世代定序之大數據時代。
先修課程名稱
課程含自主學習 N
課程與核心能力關聯配比(%) 課程目標之教學方法與評量方法
課程目標 核心能力 配比(%) 教學方法 評量方法
透過基本生物資訊數據型態與定序觀念，透過實作了解普遍生物資訊資料庫之使用技巧，分析環境微生物之應用層面。
1.環境工程的專業知識。
2.策劃及執行環境工程專題研究的能力。
4.創新思考及獨立解決問題的能力。
5.與不同領域人員協調整合的能力。
6.良好的國際觀。
8.終身自我學習成長的能力。
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專題探討/製作
討論
講授
書面報告
出席狀況
實作
授課內容(單元名稱與內容、習作/每週授課、考試進度-共18週)
週次 授課內容
第1週 第一周. 課程規劃介紹(同學分組與實作主題規劃說明)
第2週 第二周. 基因體基本介紹(The Genome Base)
第3週 第三周. 次世代定序介紹與數據處理觀念說明(Next-generation sequencing technologies)
第4週 第四周. 次世代定序介紹與數據處理觀念說明(Next-generation sequencing technologies)
第5週 第五周. 基因體生物資訊數據處理介紹(Genome data analysis)
第6週 第六周. 基因體生物資訊數據處理介紹(Genome data analysis)
第7週 第七周. 生物資訊資料庫應用介紹 – NCBI
第8週 第八周. 生物資訊資料庫應用介紹 – JGI/IMG
第9週 第九周. 生物資訊資料庫應用介紹 – KEGG
第10週 第十周. 其他相關生物資訊資料庫與數據應用介紹
第11週 第十一周. 課程主題實作 – 基因體定序序列資料處理/課程討論
第12週 第十二周. 課程主題實作 – 基因體序列組裝/課程討論
第13週 第十三周. 課程主題實作 – 基因體序列功能標定、分析與比較/課程討論
第14週 第十四周. 課程主題實作 – 基因體親緣關係分析/課程討論
第15週 第十五周. 課程主題實作 – 基因體代謝途徑預測/課程討論
第16週 第十六周. 課程主題實作 – 其他生物資訊資料庫應用實作/課程討論
第17週 第十七周. 生物資訊資料庫處理工具自主學習周(數位補充教材學習) 或 生物資訊處理公司業師教學學習周 (安排中)
第18週 第十八周. 生物資訊資料庫處理工具自主學習周(數位補充教材學習) 或 生物資訊處理公司業師教學學習周 (安排中)
學習評量方式
實作主題期中進度 (30%)
實作主題期末報告 (50%)
出席 (10%)
上課表現 (10%)
教科書＆參考書目(書名、作者、書局、代理商、說明)
1. Next-Generation Sequencing Data Analysis (2016), edited by Xinkun Wang, 1st edition, CRC Press, Taylor & Francis Group published.
2. Bioinformatics: A Practical Handbook of Next Generation Sequencing and Its Applications (2017) edited by Lloyd Low and Martti Tammi. World Scientific published.
3. Genome Data Analysis. (2019), edited by Ju Han Kim, Springer Nature published.
課程教材（教師個人網址請列在本校內之網址）
自編講義，並將電子檔上傳至iLearning系統提供同學參考。
課程輔導時間
星期四13:00-14:00
聯合國全球永續發展目標
08.就業與經濟成長   09.工業、創新基礎建設提供體驗課程：N
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更新日期 西元年/月/日：2024/02/29 15:11:26 列印日期 西元年/月/日：2024 / 4 / 30
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