| 國立中興大學教學大綱 |
| 課程名稱 | (中) 生物資料分析特論(一)(6078) | ||||||||
| (Eng.) Special Topics in Biological Data Analysis(I) | |||||||||
| 開課單位 | 基資所 | ||||||||
| 課程類別 | 選修 | 學分 | 2 | 授課教師 | 謝立青 | ||||
| 選課單位 | 基資所 / 碩士班 | 授課使用語言 | 中文 | 英文/EMI | N | 開課學期 | 1061 | ||
| 課程簡述 | (中) 生物資料量與日遽增，使得我們要從這麼大量的資料中篩取我們有用及統計顯著的資訊變成一件苦差事。這課程將介紹一些常用的生物資料庫以利我們的資料收集。在很多時候，這些收集的資料還需要作更進一步的處理以利於分析，故這課程將協助學生發展計算技能與統計分析技能。此外，這課程還將介紹新世代的解序技術與相關的序列資料庫與資料分析。最後，我們還會介紹一些分子演化中的重要分析。 (Eng.) The amount of biological data available is increasing rapidly. It is becoming a daunting task to pick out desired data with statistical significance when facing the biological data. This course will introduce some commonly used biological databases, which will facilitate data collection. In many cases, the extracted data need to be further processed to reveal a clear trend; the course will help students to develop computational skills and statistical analysis skills. In addition, the course will give an introduction to next generation sequencing technologies, relative databases and data analysis. Moreover, some important analyses in molecular evolution will be introduced as well. |
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| 先修課程名稱 | 課程含自主學習 | N | |||||||
| 課程與核心能力關聯配比(%) | 課程目標之教學方法與評量方法 | |||||||
| 課程目標 | 核心能力 | 配比(%) | 教學方法 | 評量方法 | ||||
| 1. 這課程將協助學生發展處理生物資料的計算技能與統計分析技能 |
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| 授課內容(單元名稱與內容、習作/每週授課、考試進度-共18週) | ||||||||
(中) 1. 生物資料庫的介紹 2. 介紹Perl 程式語言 3. 介紹Shell script 4. 介紹Ensembl Perl API 5. 介紹Bioperl & bioconductor 6. 介紹Regular expression 7. 介紹Database management & SQL 8. 介紹新世代解序技術與GEO 9. 新世代解序序列分析 10. 介紹一些有用的生物軟體工具 每單元後皆有作業 (Eng.) 1. Introduction to biological databases 2. Perl programming 3. Shell script 4. Ensembl Perl API 5. Bioperl & bioconductor 6. Regular expression 7. Database management & SQL 8. Introduction to next generation sequencing & GEO 9. Next generation sequencing data analysis 10. Introduction to some useful biological tools in computational biology There is homework after each topic |
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| 學習評量方式 | ||||||||
| 作業: 40%，課中討論: 60% Homework: 40%, Discussion: 60% |
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| 教科書＆參考書目(書名、作者、書局、代理商、說明) | ||||||||
References: Lerrning Perl, 6th Edition by Schwartz and Phoenix (2011) Programming Perl, 4th Edition, by Christiansen, Wall and Orwant (2012) |
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| 課程教材（教師個人網址請列在本校內之網址） | ||||||||
http://www.nchu.edu.tw/~bif/ |
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| 課程輔導時間 | ||||||||
| (二) 89A (Tues.) 89A |
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| 聯合國全球永續發展目標 | ||||||||
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| 請尊重智慧財產權及性別平等意識，不得非法影印他人著作。 | |
| 更新日期 西元年/月/日：無 | 列印日期 西元年/月/日：2024 / 4 / 26 |
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