國立中興大學教學大綱
課程名稱 (中) 生物資訊學導論(6370)
(Eng.) Introductoryto Bioinformatics
開課單位 生技所
課程類別 選修 學分 3 授課教師 胡仲祺
選課單位 植醫學程 / 碩士班 授課使用語言 中文 英文/EMI N 開課學期 1141
課程簡述 本課程概括介紹生物資訊學之基礎知識，並配合上機實際操作。教室內有示範用電腦一部，並提供無線網路，歡迎同學們自備筆記型電腦同步操作。課程內容分為五大部分:
1. 生物資訊學網路資源簡介(文獻與生物巨分子資料庫、網路分析軟體)
2. 核苷酸序列分析簡介與操作(網路資源)
3. 胺基酸序列分析簡介與操作(網路資源)
4. UNIX及Windows PowerShell操作系統簡介與基礎指令稿語言(scripting language)操作，常用電腦語言基礎(R，Python)
5. 蛋白質結構分析簡介與操作
每一部份約二至四週的課程，使同學能充分了解所學內容，達到”所學即所用”的目標。
先修課程名稱
課程含自主學習 Y
課程與核心能力關聯配比(%) 課程目標之教學方法與評量方法
課程目標 核心能力 配比(%) 教學方法 評量方法
本課程之教學目的為提供初學者有關生物資訊學之基本概念，講授核酸及胺基酸資料庫之資訊儲存、擷取、分析及管理等基礎知識，以利學生日後從事相關研究工作，並培訓本土生物資訊技術人才。
2.植醫診斷與防治處方應用能力
3.植物檢防疫相關知識及技術
4.植物健康管理知識
5.科學研究、團隊合作與表達能力
30
40
20
10
討論
實習
講授
書面報告
作業
授課內容(單元名稱與內容、習作/每週授課、考試進度-共16週加自主學習)
週次 授課內容
第1週 General Introduction
第2週 Sequence Analyses with Distributed Resources: Popular Databases
第3週 Sequence Analyses with Distributed Resources: Nucleotide Sequence analysis — Basics
第4週 Sequence Analyses with Distributed Resources: Nucleotide Sequence analysis — Basics
第5週 Sequence Analyses with Distributed Resources: Nucleotide Sequence analysis — Single sequence analyses
第6週
Sequence Analyses with Distributed Resources: Nucleotide Sequence analysis — Single sequence analyses
第7週 Sequence Analyses with Distributed Resources: Nucleotide Sequence analysis — Pair-wise & Multiple sequence analyses
第8週 Sequence Analyses with Distributed Resources: RNA sequence analysis
第9週 PC-based Bioinformatics Tools: BioEdit, Basic Scripting, PowerShell
第10週 PC-based Bioinformatics Tools: BioEdit, Basic Scripting, R, Python
第11週 PC-based Bioinformatics Tools: FASTA, EMBOSS
第12週 PC-based Bioinformatics Tools: GeneDoc, MEGA
第13週 Protein Structure and Function – Primary structure
第14週 Protein Structure and Function – Secondary structure
第15週 Protein Structure and Function – Tertiary structure
第16週 Protein Structure and Function – Tertiary structure, Animation Protein Structure and Function – Tertiary structure, Animation Perspectives. Final report due!!! (期末作業繳交日)
自主學習
內容
學習評量方式
本課程以期末作業作與隨堂考為學習評量方式
教科書＆參考書目(書名、作者、書局、代理商、說明)
1. Baxevanis, A. D. and Ouellette, B. F. F. 1998. Bioinformatics: A practicla guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley and Sons, Inc. New York.
2. Gopal, S., Haake, A., Jones, R. P., Tymann, P. 2009. Bioinformatics: A Computing Perspective. McGraw-Hill International Edition, Taipei.
3. Claverie, J.-M., and Notredame, C. 2003. Bioinformatics for Dummies. Wiley publishing, Inc. New York, NY, USA.
4. Coghlan, A. 2013. A little book of R for bioinformatics. http://www.cs.ukzn.ac.za/~hughm/bio/docs/a-little-book-of-r-for-bioinformatics.pdf
5. http://www.ncbi.nlm.nih.gov;; http://workbench.sdsc.edu;
6. GCG program manual. (http://www.gcg.com/genhelp)
7. http://www.nhri.org.tw/bioinfo/; http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/
課程教材（教師個人網址請列在本校內之網址）
本課程教材儲存於iLearning 3.0系統，請同學們自行下載使用。
課程輔導時間
每週五下午二點十分至三點。
聯合國全球永續發展目標(連結網址)
 提供體驗課程：N
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更新日期 西元年/月/日：無 列印日期 西元年/月/日：2025 / 7 / 05
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