國立中興大學教學大綱

課程名稱	(中) 微生物遺傳與基因體特論(一)(6079)
	(Eng.) Topics in Microbial Genetics and Genomics(I)
開課單位	基資所
課程類別	選修			學分	2	授課教師	陳盈璁
選課單位	基資所 / 碩士班			授課使用語言	中/英文	英文/EMI		開課學期	1141
課程簡述	Microbial genomics is the study of the molecular organization of the genome, their content, and the genes they encode. DNA can be sequenced using different methods. Microbial genome can be sequenced using whole-genome shotgun sequencing in which random genomic DNA fragments are sequenced and then assembled by computer to give the complete genome. Analyzing bacterial genomes can be the foundations in investigating bacterial physiology, their genome structures, molecular evolution, antimicrobial resistance, pathogenesis and more. It will also help in preparing new vaccines and new drugs for the treatment of infections. Both experimental genomics and bioinformatic tools for microbial genomics will be introduced in the course.
先修課程名稱								課程含自主學習	Y

課程與核心能力關聯配比(%)			課程目標之教學方法與評量方法
課程目標	核心能力	配比(%)	教學方法	評量方法
Introducing the critical topics in the development of genomics in bacteria and studying microbiome	1.具備基因體學暨生物資訊學領域之專業知識 4.學習基因體研究技術	50 50	專題探討/製作 討論 講授 實習	口頭報告 實作 書面報告 出席狀況 作業 作品 測驗 其他
授課內容(單元名稱與內容、習作/每週授課、考試進度-共16週加自主學習)
週次 授課內容 第1週 Introduction to the course 第2週 DNA and RNA 第3週 Determing DNA sequence - Sanger sequencing 第4週 Determing DNA sequence - NGS 第5週 Determing DNA sequence - Single molecular sequencing 第6週 The concept of whole genome shotgun 第7週 Bioinformatics basics - Linux 第8週 Bioinformatics basics - Linux 第9週 Bioinformatics basics - Linux 第10週 Bioinformatics - Handling sequencing data 第11週 Bioinformatics - Introducing assembly pipelines 第12週 Bioinformatics - Annotation 第13週 Bioinformatics - analyzing bacterial antimicrobial resistance and Virulence factors 第14週 Bioinformatics - cgMLST and molecular phylogeny 第15週 Bioinformatics - Comparative genomics of Bacteria 第16週 Bioinformatics - Molecular Evolution of Bacterial Genomes self-directed learning self-directed learning 自主學習 內容
學習評量方式
專題研究、實作、報告與討論
教科書＆參考書目(書名、作者、書局、代理商、說明)
Molecular Genetics of Bacteria 4th. Ed. Snyder & Peters, ASM Press 2012 Other selected paper and review articles
課程教材（教師個人網址請列在本校內之網址）
Teaching materials will be avaliable in eCampus
課程輔導時間
週一下午1:30-2:30
聯合國全球永續發展目標(連結網址)
提供體驗課程：N

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更新日期 西元年/月/日：無	列印日期 西元年/月/日：2025 / 7 / 04
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