國立中興大學教學大綱

課程名稱	(中) 親緣關係比較法(6546)
	(Eng.) Phylogenetic Comparative Methods
開課單位	生命碩士班
課程類別	選修			學分	3	授課教師	鄭任鈞
選課單位	生命碩士班 / 碩士班			授課使用語言	中文	開課學期	1151
課程簡述	比較方法學的主要內涵為當在研究演化生態學等領域之生物議題時，必需同時考慮物種之間的親緣關係。比較方法起源於18世紀初期，長久以來都是生態與演化研究重要的基石。比較方法學是一個強而有力的工具，可以用於探討演化生物學裡幾個重要的問題，因此被大量的被用在重建祖先特徵，測試適應假說和研究不同特徵演化上的關連性。 本課程針對以演化生物學與行為生態學為主要研究方向的學生，除了介紹比較方法學的原理與應用外，並教導學生如何使用R軟體來進行不同比較方法的分析，讓學生實地演練，幫助學生完成自身研究。 註1：本課程為進階應用課程，所學十分專業，除建議同學應先修習過演化學、分子親緣關係等科目之外，自身研究內容與方向應與本課程相關者較為合適。 註2：有興趣修習之同學，請於開學第一週前，將自介寄到教師信箱(包含自我介紹、論文題目與方向、本課程與自身實驗之關連性等)。
先修課程名稱

課程與核心能力關聯配比(%)			課程目標之教學方法與評量方法
課程目標	核心能力	配比(%)	教學方法	評量方法
B 探究生物的分佈和多樣性形成原因。 C 瞭解生物演化的機制	3.(甲組)瞭解生物演化及演化機制	100	習作 討論 講授	書面報告 口頭報告 作業 實作
授課內容(單元名稱與內容、習作/每週授課、考試進度-共16週加自主學習)
週次 授課內容 第1週 An introduction of the phylogenetic comparative method 第2週 Adaptation I 第3週 Adaptation II 第4週 Adaptation III 第5週 R, RStudio, and R packages 第6週 Estimating Ancestral Characters 第7週 Phylogenetically Independent Contrasts 第8週 Phylogenetically Generalized Least Squares 第9週 Generalized Estimating Equations 第10週 Phylogenetically informed Monte Carlo computer simulations 第11週 Specific Models for Studying Evolutionary Mechanisms I 第12週 Specific Models for Studying Evolutionary Mechanisms II 第13週 Analysis of Diversification 第14週 Graphical Methods for Visualizing Comparative Data on Phylogenies 第15週 Case discussion 第16週 Student Project Presentation 1 Student Project Presentation 2 Student Project Presentation 3 自主學習 內容
學習評量方式
作業與上課表現 50%；報告 50%
教科書＆參考書目(書名、作者、書局、代理商、說明)
László Zsolt Garamszegi, Modern Phylogenetic Comparative Methods and Their Application in Evolutionary Biology: Concepts and Practice, 2014, Springer. Paradis E. Analysis of Phylogenetics and Evolution with R (Use R!) 2nd ed. 2012, Springer.
課程教材（教師個人網址請列在本校內之網址）
課程輔導時間
事先與老師約定時間

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更新日期 西元年/月/日：無	列印日期 西元年/月/日：2026 / 10 / 02
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