國立中興大學教學大綱

課程名稱	(中) 分子演化學(3239)
	(Eng.) Molecular Evolution
開課單位	生科系
課程類別	選修			學分	3	授課教師	曾妤馨
選課單位	生科系 / 學士班			授課使用語言	中文	英文/EMI		開課學期	1132
課程簡述	本課程將探討演化如何在分子尺度上發生，重點關注分子演化研究的基礎和方法、演化改變和序列模式、系統發育分析方法以及用於研究分子演化的技術，同時將討論現今分子演化研究的最新進展。學生修本課程前，建議修習過演化、遺傳學等學科。實習課將讓學生熟悉分子演化數據分析。 This course will explore how evolution occurs at the molecular scale, focusing on fundamentals and methodology of molecular evolution, evolutionary changes and patterns of sequences, phylogenetic method analyses, and techniques used to study molecular evolution. Recent advances in molecular evolution studies will be discussed. It is strongly recommended that students study evolution, genetics or equivalent before taking this course. Lab practice will be offered for students to be familiar with data retrieving and analyses.
先修課程名稱								課程含自主學習	Y

課程與核心能力關聯配比(%)			課程目標之教學方法與評量方法
課程目標	核心能力	配比(%)	教學方法	評量方法
了解分子演化基本原理、技術及分析	4.生物多樣性領域的基本知識	100	實習 講授	測驗 出席狀況 口頭報告 作業
授課內容(單元名稱與內容、習作/每週授課、考試進度-共18週)
週次 授課內容 第1週 Introduction 第2週 Basic concepts of molecular evolution 第3週 Introduction of database (NCBI) 第4週 Alignment 第5週 Phylogenetic analysis (I) 第6週 Phylogenetic analysis (II) 第7週 Spring vacation 第8週 Wet lab practice 第9週 Midterm term 第10週 Tree conflict, model test 第11週 Detect natural selection 第12週 Introduction of next generation sequencing and Linux 第13週 Quality control of NGS data 第14週 Genome assembly 第15週 Project report 第16週 Project report 第17週 Self-learning 自主學習-國網中心伺服器操作-linux指令 第18週 Self-learning 自主學習-國網中心伺服器操作-軟體操作及基因組組裝
學習評量方式
期中考 (20%), 計畫口頭報告（20%）, 計畫書面報告（20%）, 作業 （30%）, 出席及課堂表現（10%） Midterm(20%), oral presentation（20%）, project written report（20%）, assignment （30%）, attendance & class performance（10%）
教科書＆參考書目(書名、作者、書局、代理商、說明)
Bioinformatics and Molecular Evolution by Paul Higgs and Teresa Attwood (Wiley-Blackwell, 2005) Computational Molecular Evolution by Ziheng Yang (Oxford University Press, 2006) Inferring Phylogenies (Paperback) by Joseph Felsenstein (Sinauer, 2003) Molecular and Genome evolution by Dan Graur (2015) Molecular Evolution and Phylogenetics by Masatoshi Nei and Sudhir Kumar (Oxford University Press, 2000) Molecular Evolution by Wen-Hsiung Li (Sinauer Associates, 1997) Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach by Roderick D.M. Page and, Edward C. Holmes (1991, Wiley-Blackwell) Phylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual, Third Edition by Barry G. Hall (Sinauer, 2007) Statistical Methods in Molecular Evolution by Rasmus Nielsen (Springer, 2005) The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to DNA and Protein Phylogeny Ed. by Marco Salemi and Anne-Mieke Vandamme (Cambridge University Press, 2003)
課程教材（教師個人網址請列在本校內之網址）
ilearning
課程輔導時間
appointment by email
聯合國全球永續發展目標(連結網址)
提供體驗課程：N

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更新日期 西元年/月/日：2025/02/13 15:00:59	列印日期 西元年/月/日：2025 / 3 / 12
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