國立中興大學教學大綱

課程名稱	(中) 生物資訊(3099)
	(Eng.) Bioinformatics
開課單位	生技學程
課程類別	必修			學分	3	授課教師	孫英玄
選課單位	生技學程 / 學士班			授課使用語言	中文	英文/EMI		開課學期	1132
課程簡述	This course emphasize the algorithms and theory of nucleic acid and protein sequence analysis. Topics include pairwise sequence alignment, scoring matrix, multiple sequence alignment, and topics extended from the sequence alignment such as sequence database search, phylogenetic analysis and sequence motif identification. We will also discuss the algorithms of genomic sequence assembly, as well as genome annotation, transcriptome assembly and transcriptome analysis. Note: programing and coding will not be covered in this course. Students who wish to learn programing in bioinformatics should seek alternative cousese.
先修課程名稱								課程含自主學習	Y

課程與核心能力關聯配比(%)			課程目標之教學方法與評量方法
課程目標	核心能力	配比(%)	教學方法	評量方法
The aim of course is to provide the students with knowledge of algorithms and theory in bioinformatic that focus on sequence analysis.	2.初階專業知能	100	講授	測驗
授課內容(單元名稱與內容、習作/每週授課、考試進度-共18週)
週次 授課內容 第1週 Molecular Genetics in brief 第2週 DNA Sequencing 第3週 Pairwise Sequence alignment - Global sequence alignment (Needleman-Wunsch) - Local sequence alignment (Smith-Waterman) 第4週 Scoring Matrix 第5週 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 第6週 Multiple sequences alignment 第7週 Phylogenetic tree 第8週 Sequence Motif 第9週 Midterm exam 第10週 Genome Assembly 第11週 De Novo Assembly of transcriptome 第12週 Mapping of sequencing reads 第13週 Genome Annotation 第14週 Transcriptome Analysis I (Differentially expressed gene identification) 第15週 Transcriptome Analysis II (Gene ontology, metabolic pathway, feature enrichment analysis, clustering, co-expression network) 第16週 Single cell sequencing related analysis (PCA, dimensional reduction, tSINE, UMAP etc) 第17週 Sequence databases 第18週 Final exam
學習評量方式
期中考(50%)，期末考(50%)。
教科書＆參考書目(書名、作者、書局、代理商、說明)
無，以上課講義為主。
課程教材（教師個人網址請列在本校內之網址）
本課程 iLearing portal.
課程輔導時間
週二3:00PM至5:00PM
聯合國全球永續發展目標(連結網址)
提供體驗課程：N

請尊重智慧財產權及性別平等意識，不得非法影印他人著作。
更新日期 西元年/月/日：2025/02/20 08:51:31	列印日期 西元年/月/日：2025 / 3 / 14
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